Naxçıvan Muxtar Respublikasının Azərbaycan Respublikasındakı Daimi Nümayəndəliyi muxtar region ilə mərkəzi hökumət arasında siyasi, iqtisadi və mədəni əməkdaşlığı təşviq edən vacib əlaqə rolunu oynayır. İkitərəfli əlaqələri gücləndirmək məqsədi ilə yaradılan nümayəndəlik diplomatik dialoqda fəal iştirak edir, birgə layihələrin həyata keçirilməsinə dəstək verir və Naxçıvanın maraqlarını Azərbaycanda təmsil edir. Öz təşəbbüsləri ilə nümayəndəlik regional sabitliyə töhfə verir və qarşılıqlı anlaşmanı gücləndirir.